La Germandat està formada por la unió de diverses Llengues (o nacions), a càrrec d'un Superior General o "Mestre Lloctinent del Gran Magisteri" i del seu Consell Magistral. Cadascuna de les Llengües estan regides per germans cavallers amb la funció de Superior Nacional, i aquestes sots-dividides per Vegueries, a càrrec d'un Veguer. Endins de cada vegueria pot haver-hi des d'una a més Comandes, amb un Comanador al capdavant.

Dins les comandes sol haver-hi una comunitat de persones que fan vida en comú a la manera dels religiosos, però que no tenen la obligació de fer públics els consells evangèlics, propis de la vida consagrada. El mateix comanador fa les vegades de "prior claustral" de la comunitat, on exerceix de responsable de la mateixa, i la regeix, gestiona i administra, en nom del Superior General.

També pot haver-hi Comandes formades per Cavallers i Dames d'honor i devoció, els quals no viuen en comunitat i estan cridats a la vocació seglar, participen en la espiritualitat de la germandat sense vivint complertament en el món.

Actualment, només existeix una comanda, la de Gardeny (Lleida), formada per cavallers d'honor i devoció, però està previst, que durant l'any 2021-2022, s'estableixi a Catalunya la primera comanda de vida apostòlica, com a projecte vocacional i de vida en comú, com els antics templers féren.